Le défenseur central a connu sa seule et unique expulsion avec le Real Madrid face à l'Athletic Bilbao, au Bernabéu.
C'était un 13 février 2016 et les Madrilènes recevaient le club basque, alors entraîné par Valverde, se jouant trois points importants pour maintenir le cap pour la Liga.
Varane était couplé avec Sergio Ramos, alors que les deux latéraux étaient occupés par Carvajal et Danilo, mais il a dû quitter le terrain de jeu après avoir reçu deux cartons jaunes. La première à la 16ème minute et la seconde, à la 83ème.
Alfonso Álvarez a été l'arbitre qui a montré au Français son premier carton rouge. Il n'avait encore jamais été expulsé auparavant, ni avec le Real Madrid ni en Ligue 1, même si les joueurs 'merengues' gagnaient 4-2.
Plus d'un an plus tard, Varane a été expulsé une seconde fois avec la sélection française. Cette fois-ci, il a vu le carton rouge directement suite à une mauvaise entrée à la 47ème minute sur un adversaire, lors d'un match amical que les Bleus ont remporté 3-2.