Deux ans après son arrivée aux Girondins de Bordeaux, lors de l'hiver 2016, Malcom estime que son aventure touche à sa fin. Leader d'une attaque actuellement en panne (un but sur les cinq derniers matches disputés), le Brésilien a déclaré dans 'Sky Deutschland' son intention de partir à la fin de la saison, alors que son contrat court jusqu'en juin 2021.
Alors qu'il était déjà annoncé sur le départ l'été dernier et lors du dernier mercato hivernal, le joueur formé aux Corinthians avait fait le choix de rester à Bordeaux jusqu'à la fin de l'exercice 2017-2018. Désormais, il envisage clairement de partir. "Je pense que le moment est venu. J'ai bien travaillé ici et je suis reconnaissant envers Bordeaux. Mais j'ai besoin d'un nouveau défi et de nouveaux objectifs."
Comme objectif, Malcom a envie de rejoindre le Bayern Munich, club intéressé pour l'accueillir selon plusieurs rumeurs. "C'est l'un des plus grands clubs du monde et ce serait un rêve d'y jouer un jour. Cela me rend heureux qu'ils pensent à moi (...) Qui sait, un transfert à Munich pourrait bientôt devenir réalité."
Cette saison, en 27 apparitions, il a marqué à huit reprises et délivré six passes décisives. Il est le meilleur buteur des Girondins en Ligue 1.