Myziane Maolida (25e) et Amine Gouiri (65e), grands espoirs du club rhodanien, ont marqué pour l'OL, après que l'ancien Manceau et Lillois Tulio de Melo a ouvert la marque (15e).
Chapecoense, actuel 16e du championnat du Brésil, a été rebâtie en un temps record après avoir été décimée dans un accident d'avion le 28 novembre alors qu'elle ralliait Medellin (Colombie) afin de disputer la finale aller de la Copa Sudamericana, équivalent sud-américain de l'Europa League.
Au cours de cette tragédie, 71 personnes, sur les 77 à bord, avaient trouvé la mort.
Seuls trois membres de la formation brésilienne ont survécu, le gardien Jackson Follmann, amputé d'une jambe et désormais ambassadeur du club, le défenseur Neto, qui espère reprendre la compétition en 2018, et le capitaine Alan Ruschel.
Celui-ci a rejoué pour la première fois dimanche au Camp Nou à l'occasion de la défaite contre Barcelone (5-0) pour le Trophée Joan Gamper et il est de nouveau entré en jeu contre Lyon à la 61e minute.
"Le match, c'était important mais moins que l'hommage rendu par l'OL. Nous sommes reconnaissants. Le plus important, c'est la solidarité des clubs après ce qui s'est passé", a réagit Tulio de Melo au micro d'OLTV après la partie.
"Nous sommes à la mi-saison au Brésil. Nous devons vivre comme un club de football normal. Cela fait un moment que la tragédie est survenue. C'est de moins en moins lourd. Nous arrivons à nous concentrer sur les matches. Nous avons la pression et nous avons l'objectif de nous maintenir. C'est important pour le club. Et sur le terrain, les adversaires ne nous font pas de cadeaux", a-t-il ajouté.
Chapecoense, qui a déjà disputé un match de championnat national samedi contre Coritiba, perdu 2-0, souhaitait encore jouer un second match en Europe.
Et c'est l'ancien défenseur de Lyon, le Brésilien Claudio Caçapa, aujourd'hui entraîneur adjoint de l'OL, qui a servi d'intermédiaire.
L'équipe lyonnaise n'a aligné qu'une équipe bis composée de réservistes et de joueurs remplaçants contre Strasbourg (4-0), samedi en Ligue 1.
Chapecoense doit ensuite se rendre au Japon afin d'affonter à Tokyo le club japonais d'Urawa Reds Diamonds dans le cadre de la Suruga Bank Championship, le 15 août.
L'Olympique lyonnais entretient des liens importants avec le Brésil depuis 1993 et le recrutement de Marcelo Kiremitdjian (ex-Corinthians), une quinzaine de joueurs Brésiliens sont venus jouer à Lyon, dont Juninho, Sonny Anderson, Edmilson, Cris ou Nilmar.